Es folgten einige Kinofilme, bis in "Treffen der Generationen" Captain Kirk vom neuen Enterprise Captain abgelöst wird. Captain Picard und seine Crew spielten vor den Filmen in der zweiten Star Trek Serie TNG (The Next Generation: "Raumschiff Enterprise - Das nächste Jahrhundert".

Danach folgte die Serie "Deep Space Nine", die sich um eine Raumstation dreht, die an einem Wurmloch liegt. Später findet dort der Krieg gegen das Dominion statt.

In "Voyager" geht es um ein Föderationsschiff, das durch ein mächtiges Wesen 70.000 Lichtjahre weit von zu Hause fortgebracht wird und nun versucht zurückzufliegen. Dabei setzt sich die Crew aus Sternenflotten-Offizieren und Maquis-Rebellen zusammen.

Die neue Serie "Enterprise" spielt zeitlich noch vor TOS (The Original Series) und beschreibt die Anfänge der Raumfahrt.

Gene Roddenberry starb am 24. Oktober 1991. Weitergeführt wurde Star Trek seitdem von Rick Berman.