Die Sektion 31 ist eine autonome Organisation innerhalb des Geheimdienstes der Sternenflotte. Sie existiert seit der Gründung der Föderation und operiert seitdem ohne Wissen der Föderationsbürger. Sie wird dabei jedoch von den hohen Admiralsrängen gebilligt und ist keinem zur Rechenschaft verpflichtet. Die Aufgabe der Sektion 31 ist das Aufspüren von potentiellen Gefahren für die Föderation. Wenn diese identifiziert sind, geht die Sektion 31 diskret mit ihnen um. Die Methoden der Sektion 31 erscheinen oft als moralisch inkorrekt, doch das interessiert die Mitglieder dieser Organisation nicht. Sie glauben an die Prinzipien der Föderation, versuchen sie zu schützen und ihre Interessen rücksichtslos zu vertreten, daher greifen sie zu Mitteln, die den Gesetzen der Föderation widersprechen. Während des Dominion-Krieges infizieren sie die die Formwandler, die Gründer des Dominions, mit einer Seuche, welche die gesamte Spezies befällt.

Die Mitglieder der Sektion 31 sind ausgewählte Personen, die ihre persönlichen Interessen hinter die der Föderation zurückstellen müssen. Einige Agenten bilden die Sektion 31. Es gibt keinen Hauptsitz oder Datenarchive. Sektion 31 existiert nur in den Köpfen dieser Agenten.